Los hombres infectados por Clamidia trachomatis pueden desarrollar uretritis, epididimitis, orquitis, y proctitis.
La epididimitis puede conducir a daños en el sistema canalicular y azoospermia obstructiva (falta de espermatozoides en el eyaculado, por obstrucción del conducto excretor), aunque estos casos tan graves son poco frecuentes.
Lo más normal es la generación de anticuerpos anti-espermáticos y la aparición de cambios en la calidad del semen, que disminuye afectando a la fertilidad masculina.
La detección de anticuerpos frente a Clamidias en los hombres se ha asociado en general, con una mala calidad seminal y fertilidad. Curiosamente, esta reducción de la fertilidad se supera por completo mediante el uso de la fertilización in vitro (FIV), si la mujer no está infectada.